Vor über 100 Jahren gründete Egbert Bakker das Unternehmen, aus dem das heutige Bakker Logistiek entstand. Mit einem Lastkahn befördert die Familie Bakker unter der Leitung von Egbert Bakker Torf, Seife, Bier und Mais über die niederländischen Binnengewässer. Der Lastkahn wurde durch zwei kleine Binnenschiffe ersetzt: Geertruida Elizabeth 1 und Geertruida Elizabeth 2.
Anfang des 20. Jahrhunderts stellt das Unternehmen vollständig vom Schiffstransport auf den Straßengüterverkehr um; es wird offiziell in „E. Bakker & Zonen“ (E. Bakker und Söhne) umgetauft. Der Fuhrpark wird erweitert; die Pferdewagen aus den ersten Jahren weichen motorisierten Fahrzeugen. Von Amersfoort aus beginnt die Familie, ihren Kunden in einem kleinen Lager Lagerraum anzubieten. Außerdem wird eine Werkstatt eingerichtet, damit die Fahrzeuge in eigener Regie gewartet werden können.
Nachdem man sich jahrelang auf Transportaktivitäten konzentriert hatte, beginnt die Familie Bakker in den 1970er-Jahren, ihren Kunden auch in großem Maßstab Lager- und Umschlagdienstleistungen in Bunschoten anzubieten. Nach 20 Jahren wird der Standort in Bunschoten dann aber zu klein. Da eine Erweiterung dieses Standorts nicht mehr möglich war, beschließt die Familie Anfang der 1990er-Jahre, in Zeewolde ein völlig neues Firmengebäude zu errichten.
Nach Abschluss der Bauarbeiten im Jahr 1995 zieht Bakker nach Zeewolde um. Im selben Jahr übernimmt Piet Bakker das Familienunternehmen von seinen Brüdern. Der Anfang des 21. Jahrhunderts kennzeichnet sich durch eine schnelle Expansion und explosives Wachstum, unter anderem infolge von Betriebsübernahmen.
Durch Übernahme der Firmen Broersma und Smittrans im Jahr 2003 sichert sich die Familie ein neues Lagerhaus in Heerenveen im Norden der Niederlande, und man betritt den internationalen Distributionsmarkt. 2008 übernimmt Bakker Logistiek die nahegelegene Firma Kees Becker Logistiek, wodurch sich die Lagerkapazität in Zeewolde um über 60.000 m² erhöht.
2012 nimmt Bakker Logistiek vier neue Lagerhausstandorte im Süden des Landes in Gebrauch: Tilburg. Dank dieser Übernahme ist das Unternehmen nun flächendeckend vertreten, im Norden, in der Mitte und im Süden. 2013 beschließt Bakker Logistiek eine internationale Zusammenarbeit mit dem von Dachser gegründeten European Food Network. Seither fungiert Zeewolde als Drehscheibe für das Netzwerk im gesamten Beneluxraum.
2019 beschließt Piet Bakker, dass es an der Zeit ist, einer neuen Generation die Betriebsführung zu überlassen. Die täglichen Geschäfte überträgt er einem Geschäftsführerteam. Familie Bakker ist aber bis heute im Unternehmen aktiv. Bakker Logistiek bleibt damit ein Familienunternehmen von Format.
